La Hermandad fue constituida el 1 de Mayo de 1992 por un grupo de catequistas de Nuestra Parroquia Santa María del Prado (La Merced), aunque no fue hasta el 27 de Septiembre de 1993 cuando el décimo Obispo-Prior Don Rafael Torija de la Fuente aprobó canónicamente los primeros estatutos y el 23 de Octubre de ese mismo año fue bendecida la Imagen del Stmo. Cristo, obra de D. Francisco Ortega.
Nuestra Hermandad salió a la calle por primera vez el 1 de Abril de 1994, a las 01:30 horas de la Madrugá del Viernes Santo, con un solo paso de misterio, representando el momento en el que Jesús es Coronado de Espinas, este primer año el paso era portado a ruedas, dos años después en 1996 fue llevado por 30 hermanos a dos hombros. En la primera salida de la Hermandad, los nazarenos portaban capillo bajo y la salida procesional se realizaba en completo silencio, a excepción de un tambor en la cruz de guía. Además de la realización de la oración de las cinco reflexiones del misterio de la coronación de espinas durante el desarrollo del recorrido.
En 1997 la Hermandad presentó nuevos estatutos, incluyendo en ellos a Santa María del Perdón como Titular de la Corporación. Además el paso de misterio fue cambiado siendo este un trono color caoba llevando cuatro hachones de cera granate en las esquinas, y con él, también se cambio la forma de porteo siendo éste el primer año que salía a costal, el 23 de Febrero de este año fue bendecida la nueva Imagen del Stmo. Cristo Ultrajado y Coronado de Espinas. Esta nueva imagen es obra del escultor Jesús Méndez Lastrucci, quien al realizar originalmente la imagen del Señor, esta fue concebida con gran dramatismo, el cual fue reducido en una intervención posterior en 2002. En este año 1997, también se incorporarían al misterio las imágenes del mismo escultor, de dos soldados romanos, y llegando unos años más tarde, la del sayón. La llegada de la imagen de Santa María del Perdón, se produjo pasado el verano de ese mismo año, la cual fue bendecida el 8 de Diciembre.
En 1998 nuestra Titular Mariana procesionaría por primera vez en la noche del Viernes Santo, formándose así el primer paso en ser portado a costal formado íntegramente por una cuadrilla de mujeres, procesionando sin palio y con manto color blanco en una jornada en la que la lluvia estuvo a punto de impedir la salida de la Hermandad. al haberse suspendido las procesiones de la tarde del Jueves Santo. Al igual que el misterio, la Virgen realizó sus primeras salidas totalmente en silencio.
En el año 2000 el paso de palio fue acompañado por primera vez por una banda de música, y fue además la primera vez que Nuestra Señora del Perdón salía a la calle bajo palio y lo hacía cambiando el terno de su manto que desde entonces pasó a ser morado.
En 2002 la Hermandad cambiaría su horario de salida procesionando a las diez y media en la noche del Jueves Santo.
En 2003 se produjo un cambio radical en la concepción de la Hermandad en la calle, cambiando su estilo y salida procesional. El silencio de la madrugá del Viernes Santo fue sustituido por los sones de la Agrupación Musical Santo Tomás de Villanueva de Ciudad Real, tras el Señor de la Merced, que estrena un nuevo paso de misterio en orfebrería sobredorada, que es el que actualmente sigue procesionando. Los capillos bajos de los nazarenos, fueron sustituidos por los capillos altos.
Se atravesaron años difíciles entre el 2005 y 2008. La falta de costaleros hizo que el misterio tuviera que ser portado a ruedas en los años 2006, 2007 y 2008. Este ultimo año la Hermandad, que a pesar de volver a adelantar su salida a las siete y media de la tarde del Jueves Santo, coincidiendo en la calle con la Pasionaria de Santiago, se vio afectada por la falta de costaleras. Tras estos acontecimientos, y buscando su sitio dentro de la Semana Santa de Ciudad Real, la Hermandad solicitaría el cambio de día de su Estación de Penitencia.
En el año 2009 finalmente la Hermandad pasa a realizar Estación de Penitencia en la tarde del Domingo de Ramos. El cambio de día supuso un restablecimiento de las cuadrillas de costaleros de ambos pasos, que desde ese año, son portados de nuevo a costal. El itinerario ha sufrido varias modificaciones, principalmente por el transcurrir de la Hermandad del Prendimiento en las mismas horas por el centro de la ciudad, y evitar así interrupciones entre ambas.
En el año 2012 la Hermandad celebra su XX Aniversario Fundacional y lo conmemora con la realización de [……]. Por otra parte, en el año 2014 con motivo del XX Aniversario de la primera salida procesional la Hermandad solicita a la Asociación de Cofradías ser elegida para presidir el I Vía Crucis Cuaresmal de la Asociación de Cofradías. Tras la designación por parte de esta, la imagen del Santísimo Cristo Ultrajado y Coronado de Espinas sale en solemne via crucis el 16 de Marzo de ese mismo año.
En el año 2015 el paso de Palio de Santa María del Perd´ón cuenta por primera vez tras el con la Asociación Musical Mozart del Aldea del Rey. En 2016 tras los pasos del Nuestro Señor Ultrajado pone música la BCT Ntra Sra. Del Prado (Ciudad Real).
En 2017 se llevó a cabo la restauración de Nuestro Señor Ultrajado, por parte de su escultor D. Jesús Méndez Lastrucci, el cual cambió el sistema de potencias que hasta entonces llevaba la Imagen por una nueva que permite que éstas puedan ser quitadas.
Ademas en el mismo año de adquirió la nueva Cruz de Guía obra de los talleres Paula Orfebres.
En 2018 se conmemoró el XXV Aniversario Fundacional con la realización de varios actos entre los que resaltamos el Vía Crucis con la Imagen de Nuestro Señor y Via Lucis en Mayo con la Imagen de Santa María del Perdón. En 2019 se adquirieron el juego de palermos (Paula Orfebres) y ciriales para ambos pasos de Salmerón (Socuellamos)
En 2022 se lleva a cabo la restauración de los respiraderos del Paso de Palio y además se estrena la marcha dedicada a nuestra Titular Santa María del Perdón «Siempre Tú, Madre del Perdón», obra de Don Agustín Sánchez Casas. Ademas tras nuestro paso de misterio puso los sones la BCT Ntra. Sra del Dolor (Hellín).
Actualmente la Hermandad sale a la calle el Domingo de Ramos a las seis de la tarde, desde la Iglesia de Santa María del Prado (La Merced), siendo acompañada musicalmente por la BCT Ntra. Sra. de las Angustias de Porcuna (Jaén), tras el paso de misterio, y la Asociación Musical Mozart (Aldea del Rey), tras el paso de palio.
A día de hoy, la Hermandad cuenta con una nómina de aproximadamente 300 hermanos, realizando cultos a sus Titulares en cuaresma y varias actividades durante el resto del año.